国家级：

鼎湖山自然保护区（肇庆）
车八岭自然保护区（始兴）
内伶仃—福田自然保护区（深圳）
南岭自然保护区（乳源、连州、阳山）
丹霞山自然保护区（仁化）
港口海龟自然保护区（惠东）
红树林自然保护区（湛江）
省  级：

新港自然保护区（河源）
大亚湾水产资源自然保护区（深圳）
南昆山自然保护区（龙门）
观音山自然保护区（佛冈）
古田自然保护区（惠东）
丰溪自然保护区（大埔）
上川岛猕猴自然保护区（台山）
担杆岛猕猴自然保护区（珠海）
南澳候鸟自然保护区（南澳）
百涌自然保护区（阳春）
云髻山自然保护区（新丰）
粤北华南虎自然保护区（韶关）
同乐大山森林保护区（郁南）
七目嶂自然保护区（五华）
黑石顶自然保护区（封开）
大雾岭自然保护区（信宜）
罗浮山自然保护区（博罗）
石门台自然保护区（英德）
公平大湖自然保护区（海丰）
象山头自然保护区（惠州）
罗坑自然保护区（曲江）
杨东山十二度水自然保护区（乐昌）
枫树坝自然保护区（龙川）
阴那山自然保护区（梅县）
白蝶贝自然保护区（雷州）
市县级：硇洲岛沿海自然保护区（湛江）
从化温泉自然保护区（从化）
九江璜矶自然保护区（南海）
黄茅嶂自然保护区（兴宁）
皇佑笔自然保护区（蕉岭）
三坑自然保护区（普宁）
绥江大沙角自然保护区（广宁）
绥江自然保护区（四会）
五指石自然保护区（平远）
东莞市自然保护区（东莞）
花山自然保护区（广宁）
板洞牛塘水库自然保护区（连南）
大峡谷自然保护区（乳源）
白溪水源林自然保护区（紫金）
乌禽嶂自然保护区（紫金）
鸡公嶂自然保护区（紫金）
仙女滩自然保护区（紫金）
七星坑自然保护区（恩平）
滴水岩自然保护区（番禺）
合水椤自然保护区（高明）
上举龙文自然保护区（平远）
西江河水源林保护区（高要）
新兴江水源林自然保护区（高要）
金龙水库水源林自然保护区（高要）
杨梅水库水源自然保护区（高要）
鲤鱼尾水库水源林自然保护区（高要）
大埕湾海洋生态自然保护区（饶平）
乌猪岛自然保护区（台山）